Johan II van Beieren (circa 1341 - tussen 14 juni en 1 juli 1397) was van 1375 tot 1392 medehertog van Neder-Beieren en na de verdeling van dit hertogdom van 1392 tot aan zijn dood hertog van Beieren-München. Hij behoorde tot het huis Wittelsbach.

Johan II was de derde en jongste zoon van hertog Stefanus II van Neder-Beieren en Elisabeth van Sicilië, dochter van koning Frederik II van Sicilië.

Na de dood van zijn vader in 1375 werd Johan II samen met zijn broers Stefanus III en Frederik hertog van Neder-Beieren. Ook erfden de drie broers in 1379 na de dood van hun oom Otto V het hertogdom Opper-Beieren. In 1385 erfde Johan na het overlijden van zijn schoonvader Meinhard VI een derde van het graafschap Gorizia, dat hij in 1392 aan het huis Habsburg verkocht.

Na conflicten beslisten Johan II en zijn broers op 13 november 1392 om hun bezittingen onderling te verdelen: Johan II behield het hertogdom Beieren-München, terwijl Stefanus III het hertogdom Beieren-Ingolstadt en Frederik het hertogdom Beieren-Landshut kreeg. Het was Johan zelf die de drijvende kracht achter deze verdeling was omdat hij niet langer wilde opdraaien voor de spilzuchtige hofhouding van Stefanus III en de Italiëpolitiek die zijn twee broers voerden.

Door de verdeling van hun gebieden ontstonden er echter nieuwe spanningen tussen Johan en zijn oudste broer Stefanus III, die al snel niet meer tevreden was met het hertogdom Beieren-Ingolstadt alleen. Stefanus voelde zich bedrogen met de gebieden die had gekregen, waardoor in 1394 en 1395 tot de Eerste Beierse Huisoorlog kwam tussen Stefanus en Johan. Op kerstavond 1394 overviel Stefanus' zoon Lodewijk VII de stad Freising, bedreigde hij de stad Pfaffenhofen en plunderde hij op driekoningen 1395 de stad Neustadt an der Donau. Als tegenreactie vielen Johan en zijn zonen de steden Aichach en Friedberg aan en verwoestten ze de burcht van Markt Schwaben. Na het einde van de vijandelijkheden kwamen Johan en Stefanus in september 1395 overeen om de hertogdommen Beieren-München en Beieren-Ingolstadt gezamenlijk te regeren.

Johan stierf in 1397, waarna hij werd bijgezet in de Onze-Lieve-Vrouwkerk van München. Zijn zonen Ernst en Willem III volgden hem op als hertog van Beieren-München.

In 1372 huwde Johan met Catharina (overleden in 1391), dochter van graaf Meinhard VI van Gorizia. Ze kregen drie kinderen:

• Ernst (1373-1438), hertog van Beieren-München
• Willem III (1375-1435), hertog van Beieren-München
• Sophia (1376-1425), huwde in 1389 met Rooms-Duits koning Wenceslaus van Luxemburg.

Ook had Johan II met Anna Pirsser een buitenechtelijke zoon:

• Johannes Grünwalder (1392-1452), bisschop van Freising