Onder leiding van bondscoach Bojan Prašnikar maakte Novak zijn debuut voor het Sloveens voetbalelftal op 18 november1992 in het oefenduel tegen Cyprus. Hij speelde in totaal 71 interlands voor de voormalige Joegoslavische deelrepubliek, en scoorde drie keer voor zijn vaderland. Voordien speelde hij vier interlands voor Joegoslavië in de periode 1991-1992. Met Slovenië nam hij deel aan het EK voetbal 2000 en het WK voetbal 2002.