De ecoregio's van Zuid-Afrika behoren tot de ecozone van het Afrotropisch gebied, behoudens Prins Edward- en Marioneiland, die tot het Antarctisch gebied gerekend worden. Zij vertonen een rijke verscheidenheid en behoren tot niet minder dan zeven verschillende biomen en drie verschillende florarijken.

Het World Wildlife Fund erkent de volgende ecoregio's

• AT0115 Bergwouden van Knysna-Amatole
• AT0116 Kustbossenmozaïek van de Zuid-Afrikaanse oostkust
• AT0119 Kustbossenmozaïek van Maputaland

• AT0709 Acacia-Baikiaeabosland van de Kalahari
• AT0717 Bosveld van Zuidelijk Afrika
• AT0725 Mopane- en Zambeziboslanden

• AT1003 Hooggebergtegrasland van de Drakensbergen
• AT1004 Berggrasland, bosland en bos van de Drakensbergen
• AT1009 Graslanden van het hogeveld
• AT1012 Bosland en stuikgewas van Maputaland-Pondoland

• AN1104 Prins Edwardeilanden

• AT1201 Zuurveldstruikgewas
• AT1202 Laaglandfynbos en -renosterveld
• AT1203 Hooglandfynbos en -renosterveld

• AT1309 Kalahari droge savanne
• AT1314 Nama-Karoo
• AT1322 Succulenten-Karoo

• AT1405 Mangrovebossen van Zuid-Afrika en Mozambique

De drie mediterrane ecoregio's vormen samen het florarijk Capensis, en Prins Edward- en Marioneiland (mogelijk) tot Antarctis, de andere ecoregio's behoren tot Paleotropis.