Guanotrofie is een begrip uit de ecologie waarmee een toestand wordt bedoeld waarbij een bepaald milieu onderhevig is aan een hoge depositie van beschikbare nutriënten die afkomstig zijn uit de ontlasting van vogels of vleermuizen.

Wanneer er in een bepaald milieu sprake is van guanotrofie, dan noemt men het milieu guanotroof. Als een organisme of levensgemeenschap min of meer is aangewezen tot guanotrofe milieus (en dit dus als habitat nodig heeft), dan is het guanotrafent.

Het woord 'guanotrofie' is afkomstig van het Spaanse guano ('vogelmest') en het Oudgriekse τροφή (trophḗ: 'voeding').

Zie guano voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

In guanotrofe milieus kan guano ontstaan. Dit is een specifiek type afzetting dat ontstaat uit de gedroogde uitwerpselen van (zee)vogels, vleermuizen of dinosauriërs. Guano is vooral bekend doordat het gewonnen werd om als mest te gebruiken; het bevat een zeer hoge concentratie fosfaten en nitraten.

• 
  Guanotrafente rotsvegetatie op het Britse eiland Skomer
• 
  Amblyopsis rosae, een guanotrafente vissoort

• Dystrofie
• Ombrotrofie
• Minerotrofie
• Kunstguano