Morán speelde in totaal 23 interlands voor zijn vaderland Uruguay, en scoorde één keer voor de Celeste. Onder leiding van bondscoach Roberto Fleitas maakte hij zijn debuut voor de nationale ploeg op 7 augustus1988 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Colombia (2-1), evenals Nelson Cabrera, José Oscar Herrera en Rubén Pereira. Hij nam met zijn vaderland twee keer deel aan de strijd om de Copa América (1991, 1993).