Windahl wist in zijn carrière 1 dubbeltoernooi te winnen en stond eenmaal in de finale. Hij won als junior de Australian Open in 1981 tegen Pat Cash die later in de mannenfinale tot tweemaal toe werd verslagen door twee andere Zweden namelijk Stefan Edberg en Mats Wilander. Hij won samen met Andreas Maurer de ATP Genève in 1986 en verloor in 1989 samen met zijn landgenoot Tomas Nydahl de ATP Bologna.