Molnár speelde in totaal 24 keer voor het Slowaakse nationale elftal in de periode 1994-1997. Onder leiding van bondscoach Jozef Vengloš maakte hij zijn debuut op 4 februari1994 in de vriendschappelijke wedstrijd in Sharjah tegen Egypte, die met 1-0 werd verloren. Dat was het tweede officiële duel van Slowakije sinds de vreedzame ontmanteling van Tsjecho-Slowakije. Zijn voornaamste concurrenten in de jaren negentig waren Alexander Vencel en Miroslav König.
Voorafgaand aan Molnárs interlandcarrière bij Slowakije speelde hij ook één interland voor het toenmalige Tsjecho-Slowakije. Dat betrof een WK-kwalificatiewedstrijd op 27 oktober1993 tegen Cyprus (3-0-overwinning), onder leiding van bondscoach Václav Ježek.