Dit is een lijst van vlaggen van Indonesië.
Nationale vlag (per FIAV-codering)
Zie Vlag van Indonesië voor het hoofdartikel over dit onderwerp.| Civiele vlag | Staatsvlag | Oorlogsvlag | |
|---|---|---|---|
| Te land |   ?
|
 ?
|
 ?
|
| Te water |  ?
|
 ?
|
 ?
|
Historische vlaggen
Zie Vlag van Indonesië voor het hoofdartikel over dit onderwerp.Vlaggen van deelgebieden
Zie Lijst van vlaggen van Indonesische deelgebieden en Lijst van vlaggen van Indonesische gemeenten voor de overzichtsartikels over dit onderwerp.Militaire vlaggen
De oorlogsvlag is reeds in de eerste tabel te vinden.
| Vlag | Periode | Functie | Beschrijving |
|---|---|---|---|
 |
Geus. | Vijf rode en vier witte horizontale banen, allen even hoog. |
Vlaggen van afscheidingsbewegingen
| Vlag | Periode | Functie | Beschrijving |
|---|---|---|---|
 |
Vlag van de Beweging Vrij Atjeh (GAM). | ||
 |
Vlag van de afscheidingsbeweging in Riau. | ||
 |
Vlag van de Republik Maluku Selatan. | ||
 |
Vlag van de afscheidingsbeweging in Papoea. | Zie het artikel Morgenster (vlag). | |
 |
Vlag van de afscheidingsbeweging op Celebes. |
· 
· 
· ·