De marathon van Seoel 2006 werd gelopen op zondag 12 maart 2006. Het was de 62e editie van deze marathon.

De Zuid-Afrikaan Gert Thys kwam bij de mannen als eerste over de streep in 2:10.40, precies een minuut eerder dan de Keniaan Jason Mbote. De Chinese Chun-xiu Zhou won bij de vrouwen in 2:19.51. Zij was bijna een kwartier sneller dan de concurrentie.

rang	naam	land	tijd
1	Gert Thys	RSA	2:10.40
2	Jason Mbote	KEN	2:11.40
3	Araya Haregot	ETH	2:11.56
4	Ji Young-Joon	KOR	2:12.08
5	Jimmy Muindi	KEN	2:12.20
6	Wilson Kigen	KEN	2:12.28
7	Mbarak Hussein	USA	2:12.53
8	William Kipsang	KEN	2:13.30
9	Cleophas Rop	KEN	2:14.43
10	Young-Chu Kim	KOR	2:15.58
11	Ridouane Harroufi	MAR	2:16.19
12	Tomokazu Sakamoto	JPN	2:16.20
13	Chang-Hoon An	KOR	2:17.20
14	Dong-Il Lee	KOR	2:17.34
15	Toshikazu Gouda	JPN	2:17.36

rang	naam	land	tijd
1	Zhou Chunxiu	CHI	2:19.51
2	Lim Kyung-Hee	KOR	2:34.08
3	Choi Kyung-He	KOR	2:36.10
4	Chae Eun-Hee	KOR	2:40.47
5	Chieko Yamasaki	JPN	2:41.40
6	Emily Kimuria	KEN	2:42.05
7	Satoko Uetani	JPN	2:44.24
8	Suh Ok-Yeon	KOR	2:46.41