Mahdavikia debuteerde in 1996 in het Iraans voetbalelftal en speelde in totaal 111 interlands. Hij werd niet meer opgeroepen na een kwalificatiewedstrijd voor het WK 2010 tegen Zuid-Korea. Daarin droeg hij een groene armband ten teken dat hij de demonstranten steunde die protesteerden tegen de Iraanse presidentsverkiezingen 2009.