Ninkov brak bij FK Čukarički Stankom door onder trainer Dragoslav Stepanović. Voordien speelde de rechtsachter bij drie andere clubs. In januari 2008 tekende hij een contract bij Rode Ster. Daar groeide Ninkov uit tot een vaste waarde. Na verloop van tijd kreeg hij bij Rode Ster Belgrado de aanvoerdersband. In 2011 tekende Ninkov een contract voor vier jaar bij het Franse FC Toulouse.