Ejea bereikte in 1956 voor het eerst de Tercera División. De club schipperde decennialang tussen deze competitie en de Preferente Aragonesa, tot het op 24 juni 2018 voor het eerst in zijn bestaan promoveerde naar de Segunda División B.
In juni 2019 sloot Ejea een overeenkomt met SD Huesca dat Ejea voortaan zou fungeren als B-team van Huesca.[1] Dit statuut zouden ze maar één seizoen hebben.