Sean Johnson werd als 51ste geselecteerd door Chicago Fire in de MLS SuperDraft 2010. Hij maakte zijn MLS-debuut op 1 augustus 2010 in een met 3-2 gewonnen wedstrijd tegen Los Angeles Galaxy. Om ervaring op te doen trainde hij in 2011, na het einde van de Amerikaanse competitie, mee met de Engelse clubs Manchester United en Everton.