Yago is afkomstig uit de jeugdacademie van Toulouse (Toulouse B), van waaruit hij op 19 september 2012 doorstroomde naar de A-selectie.[2] In het seizoen 2010/11 speelde hij zeven wedstrijden voor het tweede elftal van Toulouse in de vijfde divisie van Frankrijk; in het daaropvolgende jaar speelde hij op hetzelfde niveau zes competitieduels.[3] Voor het hoofdelftal van Toulouse FC maakte Yago zijn debuut in het betaald voetbal op 25 augustus 2012. In de Ligue 1 speelde hij op die dag de volledige wedstrijd tegen AS Nancy (0–1 winst).[4] Drie andere Afrikaanse voetballers, Aymen Abdennour (Tunesië), Cheikh M'Bengue (Senegal) en Jean-Daniel Akpa-Akpro (Ivoorkust) maakten ook deel uit van het basiselftal, dat dat seizoen als tiende zou eindigen in de competitie.[5] In het seizoen 2012/13 kwam Yago tot 22 competitiewedstrijden; in het daaropvolgende seizoen kwam hij tot 24 optredens in de Ligue 1. Zijn positie als centrale verdediger deelt Yago in het seizoen 2014/15 onder meer met de Serviër Uroš Spajić, de Roemeen Dragoș Grigore, de Fransman Maxime Spano en de Zwitser François Moubandje.[6]