De vlag van Bourgondië wordt gevormd door het wapen van de hertogen van Valois-Bourgondië. Dit wapen combineert het wapen van Filips de Stoute als hertog van Touraine met het wapen van de Capetingse hertogen van Bourgondië. Frankrijk was tot het einde van de achttiende eeuw verdeeld in provincies.

De regio maakt na de regionale herindeling per januari 2016 deel uit van de regio Bourgogne-Franche-Comté. Hierdoor is de vlag niet meer in gebruik.

Het hertogdom Bourgondië werd in 1032 in naam onafhankelijk van Frankrijk. Halverwege de zestiende eeuw verdween dit hertogdom in de Bourgondische Kreits van het Heilige Roomse Rijk. De vlag van dit hertogdom bestond uit drie horizontale banen in de kleurencombinatie rood-wit-rood, Leuven, Oostenrijk en Gouda hebben dezelfde vlag.