De vlag van Waterlandkerkje werd op 16 december 1958 bij raadsbesluit vastgesteld als gemeentelijke vlag van de Zeeuwse gemeente Waterlandkerkje. De beschrijving luidt:

Drie evenhoge banen van blauw, wit en groen.

De kleuren van de vlag zijn ontleend aan het gemeentewapen.

Per 1 april 1970 ging Waterlandkerkje op in de gemeente Oostburg, waardoor de vlag als gemeentevlag kwam te vervallen. Sinds 2003 maakt het gebied deel uit van de gemeente Sluis.

• 
  Het wapen van Waterlandkerkje