De Intertoto Cup was sinds 1967 een mogelijkheid voor ploegen om in de zomer te kunnen blijven voetballen. Deze editie van 1986 werd zoals gebruikelijk gehouden tijdens deze zomerstop. Er werden alleen groepswedstrijden georganiseerd, omdat het onhaalbaar bleek om nog knock-outronden te spelen na de zomerstop. Clubs hadden daarvoor een te druk programma en de UEFA had bepaald dat ploegen die al aan UEFA-toernooien zoals de twee edities van de Europa Cup meededen, niet mochten deelnemen aan andere toernooien.

Aan deze editie van het toernooi deden 48 ploegen mee, vier meer dan vorig jaar. Er waren twaalf groepen van vier teams en elk team speelde zes wedstrijden. Er deden zes ploegen mee uit Zwitserland; vijf uit Hongarije, vier uit Denemarken, Oost-Duitsland, Oostenrijk, Polen, Tsjecho-Slowakije, West-Duitsland en Zweden; twee uit België, Bulgarije, Israël en Noorwegen en één uit Nederland.

Het Deense Lyngby BK uit groep 8 haalde dit toernooi de hoogste score, het won al zijn wedstrijden en haalde de volle twaalf punten.

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Fortuna Düsseldorf	17 : 7	8
2.	MTK Boedapest	13 : 10	7
3.	FC Liège	7 : 14	5
4.	N.E.C.	7 : 13	4

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	1. FC Union Berlin	11 : 8	9
2.	Bayer Uerdingen	13 : 8	8
3.	Lausanne Sports	7 : 6	5
4.	Standard Luik	6 : 15	2

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Malmö FF	13 : 5	7
2.	Videoton Székesfehérvár	7 : 7	6
3.	Górnik Zabrze	5 : 6	6
4.	Rosenborg Trondheim	5 : 12	5

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Rot-Weiss Erfurt	8 : 4	9
2.	Kalmar FF	12 : 10	8
3.	Vitosha Sofia	12 : 11	6
4.	Lillestrom SK	2 : 9	1

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Sigma Olomouc	12 : 11	7
2.	Hannover 96	10 : 10	6
3.	Legia Warschau	9 : 9	6
4.	BSC Young Boys Bern	9 : 10	5

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Újpest FC	12 : 6	10
2.	Aarhus GF	8 : 9	6
3.	Grasshopper-Club	9 : 9	5
4.	Admira Wacker	5 : 10	3

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Brondby IF	16 : 8	10
2.	Widzew Łódź	16 : 11	9
3.	FC Magdeburg	12 : 15	3
4.	FC St. Gallen	6 : 16	2

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Lyngby BK	16 : 3	12
2.	Maccabi Haifa	7 : 10	6
3.	Hapoel Tel-Aviv	9 : 12	4
4.	Grazer AK	3 : 10	2

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Lech Poznan	11 : 4	8
2.	Linzer ASK	6 : 5	7
3.	OB Odense	12 : 14	6
4.	Siófoki Bányász	6 : 12	3

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	IFK Göteborg	13 : 7	8
2.	TJ Vitkovice	9 : 12	7
3.	CFKA Sredec Sofia	8 : 6	6
4.	FC Zürich	8 : 13	3

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	Slavia Praag	11 : 12	10
2.	Sturm Graz	7 : 11	7
3.	FC Luzern	10 : 12	5
4.	Ferencvárosi TC	9 : 12	2

plaats	Club	Doelpunten	Punten
1.	FC Carl Zeiss Jena	10 : 3	9
2.	Örgryte IS	9 : 4	8
3.	TJ Rudá Hvězda Cheb	11 : 13	5
4.	1.FC Saarbrücken	8 : 18	2

• Europacup I 1986/87
• Europacup II 1986/87
• UEFA Cup 1986/87
• (en) [1] voor alle uitslagen, door Pawel Mogielnicki (RSSSF)
• (en) [2] onzekerheid over één of meer uitslagen voor 1986